Παρά το γεγονός ότι έχουν κατατεθεί μαρτυρίες από έξι έως επτά υπαλλήλους του ΟΣΕ και της Hellenic Train στον εμπορευματικό σταθμό Θεσσαλονίκης, οι οποίοι επιβεβαιώνουν πως «μετά βεβαιότητας δεν τοποθετήθηκε οποιοδήποτε παράνομο φορτίο στο εμπορικό τρένο», υπάρχουν σημαντικά χρονικά κενά στα σχετικά διαδικαστικά έγγραφα, τα οποία δημιουργούν υποψίες.
Ένα από τα χαρακτηριστικά παραδείγματα αυτών των κενών είναι η κατάθεση ενός 56χρονου υπαλλήλου του ΟΣΕ, ο οποίος είχε την ευθύνη για έναν κρίσιμο έλεγχο. Συγκεκριμένα, στην κατάθεσή του στις 25 Οκτωβρίου 2023 και εκ νέου στις 3 Απριλίου 2024, απάντησε στην ερώτηση αν «διαπιστώσατε κατά τον έλεγχο να έχει φορτωθεί κάτι άλλο στα βαγόνια πέρα από αυτά που περιγράφονται στις φορτωτικές». Ο ίδιος υποστήριξε ότι ολοκλήρωσε τον έλεγχο του στις 20:30 το βράδυ του συμβάντος, συμπεριλαμβάνοντας και τον έλεγχο πέδης του τρένου. Ωστόσο, στα σχετικά παραστατικά του εμπορευματικού σταθμού αναγράφεται ότι ο έλεγχος αυτός πραγματοποιήθηκε μεταξύ 21:05 και 21:35.
Ακόμη μεγαλύτερο προβληματισμό προκαλεί το γεγονός ότι από άλλο έγγραφο προκύπτει πως ο συγκεκριμένος υπάλληλος είχε ολοκληρώσει τη βάρδιά του στις 21:00 και είχε αποχωρήσει από τον σταθμό. Αυτό σημαίνει ότι την ώρα που δηλωνόταν πως πραγματοποιούσε τον έλεγχο του συρμού, εκείνος δεν βρισκόταν στον χώρο, εγείροντας σημαντικά ερωτήματα σχετικά με την αξιοπιστία των εγγράφων και των καταθέσεων.
Ένα ακόμη ανεξήγητο σημείο στην υπόθεση αφορά την καθυστέρηση τριών μηνών στην αναζήτηση του οπτικού υλικού από τις κάμερες που κατέγραφαν την πορεία του εμπορικού τρένου. Οι καταγραφές θα μπορούσαν να αποκαλύψουν αν είχαν φορτωθεί δεξαμενές με ύποπτο φορτίο. Ωστόσο, λόγω της καθυστέρησης αυτής, υπήρξε μια αρχική αλλοίωση των δεδομένων, καθώς οι νεότερες εγγραφές κάλυψαν το προηγούμενο υλικό.
Το διαθέσιμο οπτικό υλικό, το οποίο συλλέχθηκε από 14 σταθμούς από όπου διήλθε το εμπορικό τρένο χωρίς στάση, στάλθηκε τελικά σε εργαστήρια της ΕΛ.ΑΣ. και στη Μεγάλη Βρετανία για ανάλυση και ανάκτηση των δεδομένων. Η συγκεκριμένη καθυστέρηση εγείρει επιπλέον ερωτήματα σχετικά με το αν υπήρξε σκόπιμη απόπειρα απόκρυψης κρίσιμων στοιχείων της υπόθεσης.
Τα παραπάνω ευρήματα υπογραμμίζουν τις σημαντικές αβεβαιότητες και τα κενά στη διερεύνηση του περιστατικού, αφήνοντας ανοιχτά πολλά ερωτήματα που απαιτούν απαντήσεις από τις αρμόδιες αρχές.